为进一步解决上海市建设项目工程泥浆处置问题，保障上海市重大工程施工进度，沿江通道项目作为上海市“利用横沙圈围项目消纳工程泥浆”的试点项目正有序落实泥浆的消纳工作。
沿江通道越江隧道泥浆码头在获得关于上海市交委港口经营主体的批复以及上海市水务局准予的行政许可决定书后，相关运输船舶办理好处置证及电子签证等手续。于2016年11月18日开始出运泥浆，截止到2017年4月11日，本工程泥浆码头现有23艘船舶在运营，其中内河船12艘，单程时间20小时；海船11艘，单程时间5小时。共计出运泥浆950船次，123395.34方。
为规范、高效地管理码头及靠泊船只，沿江通道项经部制定了详细的管理规定，对码头管理、作业人员进行交底。同时，建立码头监控系统、码头微信管理平台，创建船讯网账号对运输船舶实时监控、对运输过程进行监管。针对海事部门要求的电子签证，项经部派管理人员学习并指导船舶进行签证。码头运营期间，项经部多次接受管理部门的检查，管理工作得到了海运部门的充分认可。